Расширенная классификация вируса гепатита С на 7 генотипов и 67 подтипов: Обновленные критерии

Новсти рынка медицины, препаратов итд
Ответить
Parker
Администратор
Сообщения: 585
Зарегистрирован: 17 фев 2017, 08:36
Контактная информация:

Расширенная классификация вируса гепатита С на 7 генотипов и 67 подтипов: Обновленные критерии

Сообщение Parker » 20 июл 2017, 12:48

Абстрактные

Консенсусное предложение 2005 года о классификации вируса гепатита С (HCV) представило согласованную и унифицированную номенклатуру вариантов HCV и критерии их назначения в генотипы и подтипы. С момента опубликования доступный набор данных последовательностей HCV значительно расширился благодаря продвижению в технологиях секвенирования нуклеотидов и все более пристальному вниманию к роли генетической вариации HCV в результатах лечения и лечения. Текущее исследование представляет собой важное обновление предыдущей консенсусной классификации ВГС, включающей дополнительную информацию о последовательности, полученную из более чем 1300 (почти) полных последовательностей генома HCV, доступных в публичных базах данных в мае 2013 года. Анализ позволил решить несколько номенклатурных конфликтов между обозначениями генотипов и с использованием консенсусных критериев, создал классификацию HCV в семи подтвержденных генотипах и 67 подтипах. Есть 21 дополнительная последовательность кодирующих областей неназначенного подтипа. В исследовании дополнительно описывается разработка веб-ресурса, размещенного Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV), который поддерживает и регулярно обновляет таблицы ссылочных изолятов, номеров доступа и аннотированных выравниваний ( http://talk.ictvonline.org/links /hcv/hcv-classification.htm ). Исследовательская группа Flaviviridae настоятельно рекомендует тем, кто должен проверить или предложить новые генотипы или подтипы HCV, связаться с Исследовательской группой до публикации, чтобы избежать появления в литературе номенклатурных конфликтов. Хотя критерии назначения генотипов и подтипов остаются неизменными по сравнению с предыдущими консенсус-предложениями, предлагаются изменения при назначении временных подтипов, нумерация подтипов за пределами «w» и номенклатура интергенотипического рекомбинанта. Заключение : Это исследование представляет собой важный ориентир для консенсусной классификации вариантов HCV, который будет полезен для исследователей, работающих в области клинических и фундаментальных наук. (H epatology 2014; 59: 318-327) Это исследование представляет собой важный ориентир для консенсусной классификации вариантов HCV, который будет полезен для исследователей, работающих в области клинических и фундаментальных наук. (H epatology 2014; 59: 318-327) Это исследование представляет собой важный ориентир для консенсусной классификации вариантов HCV, который будет полезен для исследователей, работающих в области клинических и фундаментальных наук. (H epatology 2014; 59: 318-327)
Сокращения
HCV
Вирус гепатита С
ICTV
Международный комитет по таксономии вирусов
Вскоре после публикации первой почти полной геномной последовательности вируса гепатита С (ВГС) в 1989 году [ 1 ] стало очевидно, что изоляты от разных людей или стран проявляют существенное генетическое разнообразие. После многочисленных исследований и опросов по группам во всем мире этот вариант был обобщен, а варианты, обозначенные как генотипы и подтипы в системе консенсусной классификации и номенклатуры, и формальные правила были согласованы для назначения и обозначения будущих вариантов. [ 2 ] Требуется назначение генотипа и подтипа : (1) одну или несколько полных последовательностей (ов) кодирующей области; (2) по меньшей мере три эпидемиологически несвязанных изолята; (3) филогенетическую группу, отличную от ранее описанных последовательностей; (4) исключение интергенотипической или интерсубпипической рекомбинации,

Применение этих критериев подтвердило назначение шести различных генотипов, включающих 18 подтипов. Кроме того, 58 подтипов были предварительно назначены в ожидании доступности полной последовательности кодирующих областей или дополнительных изолятов. Это соглашение о номенклатуре отразилось на создании нескольких кураторских баз данных, которые организовывали последовательности HCV по мере их появления, и указывали, какие генотипы и подтипы были подтверждены или назначены в предварительном порядке (База данных последовательности Лос-Аламос HCV, [ 3 ] euHCVdb, [ 4 ] База данных вируса гепатита : Http://s2as02.genes.nig.ac.jp/ ). Одновременно было предложено унифицировать нумерацию ВГС со ссылкой на изолят генотипа 1а H77 (AF009606) [ 5 ].

В последнее время это замечательное соглашение и сотрудничество в номенклатуре HC> V осложнено несколькими событиями. Ни одна из баз данных последовательности HCV в настоящее время активно кураторна, и ответственность за написание новых генотипов и подтипов фактически де-факто вернулась к отдельным исследователям. Это, в сочетании с задержками публикации, создало новые противоречия, в которых изоляты, относящиеся к одному и тому же подтипу (4b: FJ462435, FJ025855, FJ025856 и FJ025854; 6k: DQ278891 и DQ278893; 6u: EU408330, EU408331 и EU408332) относятся к различным подтипам В соответствии с критериями консенсуса. [ 2 ] Еще одна проблема заключается в том, что количество полных кодирующих регионовых последовательностей увеличилось с 238 в 2005 году до более чем 1300. По аналогии, Количество вариантов, соответствующих критериям назначения, в качестве подтвержденных генотипов / подтипов увеличилось с 18 до 67; Несколько недавних публикаций содержат цифры, которые неразборчивы в отношении изоляции имени и / или номера доступа [ 6-10 ], осложняющего последующие сравнения.

Наконец, успехи в технологии секвенирования ускорили скорость, с которой генерируются последовательности HCV. В последних статьях сообщалось о частичных последовательностях 282 изолятов из Вьетнама [ 11 ] и 393 изолятов из Китая [ 10 ], в каждом случае определяющих дополнительные подтипы генотипа 6. Технологические достижения также облегчили получение полных кодирующих последовательностей HCV через оба Дидезоксисекреция и пиросеквенирование. Последняя методика была недавно использована для получения 31 полных кодирующих областей, принадлежащих к 13 различным подтипам. [ 8 ] В GenBank теперь доступно более 225 000 последовательностей HCV и около 30 000 добавленных каждый год.

В этой статье перечислены назначения генотипов и подтипов [ 2, 7 ] и правила номенклатуры, а также описывается создание справочного сайта, размещенного Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV), для проверки новых назначений генотипов и подтипов и предоставления обновленных Выравнивание ссылок.
Пересмотр подтвержденных генотипов и подтипов

Уникальные HCV полные или почти полные последовательности кодирующих областей, доступные в NCBI Genome (969 последовательностей, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome ) и база данных последовательности HCV Лос-Аламоса (1364 последовательности> 8000 nt из http: / /hcv.lanl.gov/content/index ) были выровнены в SSEv1.1 [ 12 ] с использованием Muscle v3.8.31 [ 13 ] и уточнены вручную. Филогенетический анализ последовательностей , содержащих> 95% области кодирования показывает семь основных филогенетических группировок , соответствующих генотипов 1-7 (рис. 1 ). Внутри этих генотипов группировка составляющих подтипов поддерживается 100% повторений бутстрапов.
1.png
Филогенетическое дерево из 129 репрезентативных полных последовательностей кодирующей области. До двух представителей каждого подтвержденного генотипа / подтипа были выровнены (вместе с третьим крайним вариантом подтипов 4g и 6e) и соседей, соединяющих дерево, построенное с использованием максимальных допустимых нуклеотидных расстояний с вероятностью вероятностей между кодирующими областями с использованием MEGA5 [ 83 ]. Последовательности были выбраны для Иллюстрируют максимальное разнообразие в подтипе. Подсказки обозначаются номером присоединения и подтипом (* неназначенный подтип). Для генотипов 1, 2, 3, 4 и 6 наименьшая общая ветвь, разделяемая всеми подтипами и поддерживаемая 100% репликаций начальной загрузки (n = 1000), обозначается символом ·.

На основании консенсусных критериев [ 2 ] подтвержденные подтипы (обозначенные буквой, следующей за генотипом), требуют полной или почти полной последовательности кодирующей области, отличающейся от других последовательностей, по меньшей мере, на 15% нуклеотидных позиций и информации о последовательности из по меньшей мере двух других изолятов В сердечнике / E1 (> 90% последовательности, соответствующей позициям 869-1292 эталонной последовательности H77 [номер доступа AF009606], пронумерованный согласно ссылке [ 5 ]) и NS5B (> 90% позиций от 8,276 до 8,615) (таблица 1 ). Использование 15% порога по полной области кодирования поддерживается путем анализа большого числа потенциальных подтипов в настоящее время секвенировали (рис. 2 ). Это выявляет основные и последовательно размещенные пробелы в распределении попарных расстояний между и внутри подтипов каждого генотипа следующим образом: генотип 1: 12,9% -17,0%, генотип 2: 13,1% -17,6%, генотип 3: 12,5% -19,6%, генотип 1: Генотип 4: 12,7% -15,3% (за исключением расстояний 14% и 14,2% между JX227963 и двумя подтипами 4 г), а генотип 6: 9,9% -14,9% (за исключением расстояний 13,1% -13,7% между ЕС246931 и тремя подтипами 6е последовательности). Следовательно, для всех генотипов и с очень немногими исключениями может быть сделано четкое разделение между изолятами, которые отличаются на <13% по сравнению с их полными последовательностями кодирующей области (членами одного и того же подтипа) и теми, которые отличаются на> 15% (разные генотипы или подтипы). Этот анализ включает последовательности, отличные от любого из подтвержденных подтипов HCV, но не представленные в настоящее время тремя или более независимыми изолятами, которые остаются неклассифицированными подтипами (таблица 2 ). Неизвестно, отмечены ли отмеченные исключения из-за технических проблем или различной эпидемиологической истории.

Семь подтвержденных генотипов (обсуждаемых ниже) содержат 67 подтвержденных подтипов, 20 условно назначенных подтипов и 21 неназначенный подтип.

Процесс создания этих таблиц обнаружил небольшое количество вариантов с противоречивыми заданиями. Изоляты P026, P212, P245, (FJ025854-6) описаны как подтипы 4b, [ 14 ], но эти полные последовательности кодирующих областей показывают <85% идентичность с ядром / E1 изолята Z1 (U10235, L16677), условно назначаемым как 4b [ 15 ], который более тесно связан с ядром / E1 полной кодирующей области последовательности изолята QC264 (FJ462435 [ 16 ]). P212 и P245 относятся к одному и тому же новому подтипу, для которого последовательность NS5B доступна из третьего изолята (P213, GU049362), так что это подтверждается подтипом 4w. Isolate P026 отличается от всех других последовательностей генотипа 4 более чем на 17,5%, но представленная одной последовательностью остается в настоящее время неназначенной (таблица 2 ).

Аналогично, изоляты KM45 и KM41 (DQ278891,3) были назначены подтипу 6k, [ 17 ], но отличаются на> 17% в полной последовательности кодирующей области от изолированного подтипа 6k VN405 (D84264) и 6,7% друг от друга, и поэтому Остаются неклассифицированным подтипом генотипа 6. Две различные группы изолятов были отнесены к подтипу 6u; EU408330-2 [ 18 ] и EU246940 [ 19 ]. Последний был представлен первым в GenBank и представлен последовательностями NS5B из двух дополнительных изолятов и поэтому назначен подтип 6u, тогда как EU408330, EU408331 и EU408332 обозначены подтипом 6xa (см. Ниже ).

Наконец, наш анализ как филогенетических группировок, так и последовательных расстояний свидетельствует о том, что ряд изолятов [ 20 ], описанных в их образцах GenBank как «подтип k-родственный» (QC273, TV257, TV476, KM35), «подтип l-родственный» (TV533 , L349), «промежуточные между подтипами 6m и 6n» (DH027) или «промежуточные между подтипами 6j и 6i» (QC271) следует рассматривать как непризнанные новые подтипы.
Дополнительные таксономические уровни

При принятии этого таксономического различия в генотипы и подтипы вируса мы осознаем трудности введения дискретной схемы классификации по сложной таксономии. В частности, для генотипов 3 и 6 есть, несомненно, несколько иерархий таксономических отношений. Например, подтипы 6k и 6l образуют кладу вместе с несколькими неназначенными изолятами генотипа 6. [ 20 ] Класса более высокого уровня включает в себя эти последовательности и подтипы 6m и 6n, тогда как дальнейшая группировка состоит из этих подтипов и подтипов 6i и 6j (рис. . 1 ). Эти филогенетические иерархий отражены в прерывистом распределении р-расстояниях между полной кодирующими последовательностями области (рис. 2 ), который включает в себя три почти сливающееся распределения (примерно от 15% до 20%, от 20% до 25%, и 25% до 30% ). Было обнаружено три распределения межсубъектных расстояний для генотипа 3 (от 20 до 25%, от 25% до 27% и от 27% до 30%), два распределения для генотипа 2 (от 18% до 22,5%, от 23% до 26,5%), , Равномерное распределение генотипа 1 (17,7% - 25,4%) и генотип 4 (15,3% - 23,1%). Однако внутренние различия, определяемые множественными распределениями расстояний в генотипах 2, 3 и 6, не показали соответствия географическим или эпидемиологическим различиям. Группировка более высокого уровня подтипов 3b, 3g и 3i не отражает общее географическое происхождение, отличное от общего числа 3h и 3k. [ 21 ] Также нет географической корреляции с группировками подтипов 6k, 6l и различными неназначенными изолятами ; Для 6m, 6n и неназначенного изолята; Для 6h, 6i, 6j и неназначенного изолята; Для 6a и 6b; Для 6f и 6r; Или для 6r и 6e. [ 22 ] Аналогичным образом, в настоящее время нет известных вирусологических или клинических причин для распознавания этих групп более высокого уровня. Без практической полезности мы поэтому предлагаем, чтобы наблюдаемые внутри-генотипические иерархии не получили официального признания в своей номенклатуре.
Предлагаемые обновления и изменения правил назначения генотипа / подтипа

Имена подтипов

По определению, присвоения имен подтипа будут ограничены максимум 26, если они обозначены суффиксом с одной буквой (например, 2a-2z). Поэтому мы предлагаем, чтобы подтипы были привязаны к букве «w», а последующие обозначения следуют за формулой xa, xb, ... xz, а затем ya, ... yz, za, ... zz, потенциально давая в общей сложности 101 подтип Каждый генотип. Это позволяет избежать потенциально двусмысленных терминов, таких как «подтип 6x», который может быть интерпретирован как «генотип 6 неизвестного подтипа» или обозначения, такие как «подтип 3aa», который может предполагать связь с 3a.
Временные генотипы

В соответствии с протоколом согласования 2005 года [ 2 ] новые генотипы могут быть предварительно назначены из одной полной последовательности кодирующих областей, но для подтверждения этих назначений потребуется частичная или полная последовательность кодирующих областей из дополнительных изолятов. С тех пор был идентифицирован только один временный генотип (7а), представленный одним изолятом (QC69, EF108306). Таким образом, в отличие от назначений подтипов, количество генотипов представляется относительно ограниченным, и требование последовательности множественных изолятов теперь кажется чрезмерным. Мы предлагаем, чтобы для подтверждения нового назначения генотипа была нужна только одна полная последовательность кодирующих областей; Поэтому QC69 подтверждается как генотип 7a.
Предварительные подтипы

Консенсусный протокол 2005 года также предложил, чтобы предварительные подтипы можно было назначать на основе сравнений последовательностей в областях ядра / E1 и NS5B для по меньшей мере трех независимых изолятов, требуя, кроме того, полной последовательности кодирующей области до подтверждения. Из 58 подтипов, временно закрепленных в статье 2005 года, 38 теперь подтверждены (таблица 1 ). Тем не менее, теперь намного легче получить полные последовательности кодирующих областей, и было предложено очень немного дополнительных временных подтипов. Вместо этого некоторые авторы непоследовательно обозначали необычные изоляты с суффиксом «?», «Неназначенной группой I» [ 11, 23 ] или «подтипом 1 (I). «[ 9 ] Мы предлагаем, чтобы условные обозначения подтипов больше не предоставлялись для вариантов, где отсутствуют полные последовательности геномов. 20 оставшихся условно назначенных подтипов будут поддерживаться (таблица 3 ), поскольку они уже существуют в литературе. Будущие назначения подтипов будут сделаны только (в качестве подтвержденных назначений), когда предоставляются данные последовательности из трех или более изолятов, включая, по меньшей мере, одну полную или почти полную кодирующую область. Если имеется полная последовательность кодирующих областей, но имеется менее трех изолятов, мы предлагаем, чтобы они оставались неназначенными. В Таблице 2 они помечены с использованием формы «Номер генотипа», например, 1_AJ851228. 20 оставшихся условно назначенных подтипов будут поддерживаться (таблица 3 ), поскольку они уже существуют в литературе. Будущие назначения подтипов будут сделаны только (в качестве подтвержденных назначений), когда предоставляются данные последовательности из трех или более изолятов, включая, по меньшей мере, одну полную или почти полную кодирующую область. Если имеется полная последовательность кодирующих областей, но имеется менее трех изолятов, мы предлагаем, чтобы они оставались неназначенными. В Таблице 2 они помечены с использованием формы «Номер генотипа», например, 1_AJ851228. 20 оставшихся условно назначенных подтипов будут поддерживаться (таблица 3 ), поскольку они уже существуют в литературе. Будущие назначения подтипов будут сделаны только (в качестве подтвержденных назначений), когда предоставляются данные последовательности из трех или более изолятов, включая, по меньшей мере, одну полную или почти полную кодирующую область. Если имеется полная последовательность кодирующих областей, но имеется менее трех изолятов, мы предлагаем, чтобы они оставались неназначенными. В Таблице 2 они помечены с использованием формы «Номер генотипа», например, 1_AJ851228. Если имеется полная последовательность кодирующих областей, но имеется менее трех изолятов, мы предлагаем, чтобы они оставались неназначенными. В Таблице 2 они помечены с использованием формы «Номер генотипа», например, 1_AJ851228. Если имеется полная последовательность кодирующих областей, но имеется менее трех изолятов, мы предлагаем, чтобы они оставались неназначенными. В Таблице 2 они помечены с использованием формы «Номер генотипа», например, 1_AJ851228.
Новейшие Рекмоендации EASL и AASLD по лечению Гепатита С на русском языке по этой ссылке https://hcv-forum.ru/viewforum.php?f=56

Ответить
  • Похожие темы
    Ответы
    Просмотры
    Последнее сообщение

Вернуться в «Новости»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 0 гостей